Việc đưa các Trạm quan trắc chuyên đề vào mạng lưới QTMT quốc gia là một trong những mục tiêu nhằm xây dựng mạng lưới quan trắc đảm bảo tính thống nhất trên phạm vi cả nước
Việc đưa các Trạm quan trắc chuyên đề vào mạng lưới QTMT quốc gia là một trong những mục tiêu nhằm xây dựng mạng lưới quan trắc đảm bảo tính thống nhất trên phạm vi cả nước, đồng bộ, từng bước tiên tiến và hiện đại hóa cho các thành phần môi trường, đáp ứng nhu cầu thông tin, dữ liệu môi trường cho công tác quản lý môi trường trong thời gian qua. Các trạm vùng chuyên đề do các Bộ ngành khác nhau quản lý cho từng lĩnh vực riêng, địa bàn hoạt động rộng khắp cả lãnh thổ Việt Nam, bao gồm cả những vùng biển khơi. Sau đây là danh sách 21 trạm quan trắc chuyên đề.
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường đất
- Trạm QT và PT môi trường đất miền Bắc: Viện Thổ nhưỡng nông hoá, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ NN&PTNT;
- Trạm QT và PT môi trường đất miền Nam: Trung tâm nghiên cứu đất, phân bón và môi trường phía Nam, Viện Thổ nhưỡng nông hoá, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ NN&PTNT;
- Trạm QT và PT môi trường đất Tây nguyên và Nam Trung bộ: Trung tâm nghiên cứu đất, phân bón và môi trường Tây Nguyên, Viện Thổ nhưỡng nông hoá, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ NN&PTNT;
- Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 1: Viện Khoa học Kỹ thuật môi trường (tên cũ là Trung tâm kỹ thuật môi trường và khu công nghiệp), ĐH Xây dựng Hà Nội, Bộ GD&ĐT;
- Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 2:, Phân viện nhiệt đới môi trường quân sự, Trung tâm Khoa học kỹ thuật và Công nghệ quân sự, Bộ Quốc phòng;
- Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 3: Viện MT và TN, ĐH Quốc gia TPHCM, Bộ GD&ĐT;
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường biển
- Trạm quan trắc và phân tích môi trường biển ven bờ phía Bắc (vùng 1): Viện Tài nguyên và Môi trường biển, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, Bộ KH&CN;
- Trạm QT và PT môi trường vùng ven biển 2 miền Trung: Trung tâm khảo sát, nghiên cứu và tư vấn môi trường biển, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam;
- Trạm QT và PT môi trường vùng ven biển 3 miền Nam: Viện Hải dương học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, Bộ KH&CN;
- Trạm QT và PT môi trường vùng biển khơi 4: Trung tâm QT và PT môi trường biển, Bộ Tư lệnh hải quân, Bộ Quốc phòng;
- Trạm QT và PTMT vùng biển khơi 5: Viện nghiên cứu hải sản, Bộ NN&PT nông thôn, Bộ GD&ĐT;
* Mạng lưới các trạm quan trắc mưa axit
- Trạm QT và PTMT mưa axit miền Bắc: Trung tâm Kỹ thuật Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng 1, Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Bộ KH&CN;
- Trạm QT và PTMT mưa axit miền Trung: Viện Nhiệt đới Môi trường, Viện Khoa học và Công nghệ Quân sự, Bộ Quốc phòng (tên cũ là Phân viện Nhiệt đới Môi trường Quân sự);
- Trạm QT và PTMT mưa axit miền Nam: Trung tâm chất lượng nước và môi trường, Viện Quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam (tên cũ là Phân viện Khảo sát và Quy hoạch thuỷ lợi Nam Bộ), Bộ NN&PTNT;
* Mạng lưới các trạm quan trắc phóng xạ
- Trạm QT và PT môi trường hoá học - Phóng xạ 1: Viện Hoá học - Môi trường quân sự (tên cũ là Trung tâm Công nghệ xử lý môi trường), Bộ Tư lệnh Hoá học, Bộ Quốc phòng;
- Trạm QT và PT môi trường hoá học - Phóng xạ 2: Trung tâm An toàn bức xạ, Viện Khoa học và Kỹ thuật hạt nhân, Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam, Bộ KH&CN;
- Trạm QT và PT môi trường hoá học - Phóng xạ 3: Viện Nghiên cứu hạt nhân Đà Lạt, Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam, Bộ KH&CN;
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường lao động và khu công nghiệp
- Trạm QT và PT môi trường lao động: Viện Sức khỏe nghề nghiệp và Môi trường (tên cũ là Viện Y học lao động và Vệ sinh môi trường), Bộ Y tế;
- Trạm QT và PT môi trường lao động: Viện Khoa học An toàn và Vệ sinh lao động (tên cũ là Viện Nghiên cứu lao động kỹ thuật bảo hộ lao động), Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam
- Trạm QT và PT môi trường công nghiệp: Trung tâm Quan trắc môi trường và kiểm soát ô nhiễm công nghiệp, Viện KH&CN môi trường, Đại học Bách khoa Hà Nội, Bộ GD&ĐT;
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường nước sông
- Trạm QT và PTMT nước sông Hương: Viện Tài nguyên và Môi trường (tên cũ là Trung tâm Tài nguyên Môi trường và Công nghệ Sinh học), Đại học Huế, Bộ GD&ĐT.